Elérhető szoftverek

Az igényeknek megfelelően igyekszünk a nyílt forráskódú szoftverek listáját bővíteni, illetve követni a verziószám változásokat, így nyújtva naprakész szoftveres hátteret felhasználóinknak. Figyelembe véve a szuperszámítógépek különböző architektúráját és a szoftveres hátteret, igyekszünk a leginkább megfelelő verziójú szoftvereket telepíteni.

Felhasználói megkeresések kapcsán vállaljuk olyan szoftverek telepítését, melyek szabadon felhasználhatóak. Egyetemeken elhelyezett gépek esetében ha egy kutatócsoport rendelkezik site-licenceszel egy szoftverre, úgy vállaljuk hogy közreműködünk annak telepítésében. Lentebb tájékozódhat a telepített szoftverekről, továbbá a különböző verziók elérhetőségét gépeinken táblázatba rendezve.

  1. Egyéb
    • antlr – Nyelfelismerő szoftver. Struktúrált szövegek és bináris fájlok olvasásához, feldolgozásához, és fordításához – https://www.antlr.org/
    • blender – Ingyenes, nyílt forráskódú 3D modellező szoftver, mely biztosítja a teljes 3D pipeline-t – https://www.blender.org/
    • magma – Nagy méretű szoftvercsomag számelméleti, geometriai, kombinatorikai és algebrai számításokhoz. – http://magma.maths.usyd.edu.au/magma/
    • ParaView – Nyílt forraskodú, multiplatform adatelemzésre és vizualizációra használt program. Interaktív módon 3D-ben, vagy batch feldolgozással is lehetséges – https://www.paraview.org/
    • Petsc – Parallel megoldásokhoz használt adatstruktúrák es rutinok, részleges differenciálegyenletek alapján modellezve – https://www.mcs.anl.gov/petsc/
    • singular – Számítógépes algebra rendszer polinomiális számításokhoz – https://www.singular.uni-kl.de/
    • singularity – Tudományos szoftverek futtatása izolált számítási környezetekben. Teljes tudományos workflow csomagok futtatása konténerezett környezetben. – https://singularity.lbl.gov/
  2. Genomikai elemzésekhez használt szoftverek
  3. Könyvtárak, programozási nyelvek, fejlesztőeszközök
    • cmake – Nyíllt forráskódú, ingyenes, több platformon használható program. Szoftverek összeépítésének menedzselését és tesztelését teszi lehetővé – https://cmake.org/
    • cuda – NVIDA által biztosított fejlesztői környezet NVIDA GPUk-ra írt szoftverek fordításához, és futtatásához https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit
    • fann – Többrétegű mesterséges neurális háló implementáció C nyelven – https://leenissen.dk/fann/wp/
    • FFTW – C szubrutin diszkrét Fourier transzformációkhoz egy vagy több dimenzióban. Tetszőleges bemeneti mérettel valódi és komplex adatok használatához is – http://www.fftw.org/
    • GCC – GNU compiler, C és C++ programnyelven írt szoftverek fordításához. Alkalmas továbbá Objective-C, Fortran, Ada, Go és D nyelveken írt programok fordítására is – https://gcc.gnu.org/
    • GMP – Aritmetikai könyvtár tetszőleges pontosságú aritmetiaki műveletek elvégzésere egész, racionális, es lebegőpontos számokon – https://gmplib.org/
    • go – Google által fejlesztett programozási nyelv – https://golang.org/
    • HDF5 – Sokrétű adatmodell, mellyel nagyon komplex adatok reprezentálhatóak. Fájl formátumok gyűjteménye, nagy mennyiségű adat tárolására és rendszerezésére. Egyes szupergépeinken phdf5-is taláható, mely a HDF5 paralellizált változata – https://www.hdfgroup.org/solutions/hdf5/
    • imagemagick – Bitmap képek készítéséhez, alakításához, konvertálásához használható program amely több mint 200 fájlformátumot képes kezelni. – https://imagemagick.org/
    • Intel Parallel Studio – Az Intel cég által fejlesztett szoftvercsomag, mely többek között tartalmaz fordítókat (C++, Fortran, stb.), és különböző fejlesztési könyvtárakat (DAAL – Data Analytics Acceleration Library; Integrated Performance Primitives; Math Kernel Library; Message Passing Interface; Threading Building Blocks), valamint debuggert is – https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/commercial-base-hpc.html
    • JDK – Java Development Kit – Az Oracle cég által fejlesztett platform, Java programozási nyelven ír szoftverek készítéséhez – https://www.oracle.com/java/
    • Lapack – Fortran 90 nyelven írt lineáris algebrához használt számítási könyvtár – http://www.netlib.org/lapack/
    • MPFR – C könyvtár tobbféle precíziós lebegőpontos szamításokhoz megfelelő kerekítéssel – https://www.mpfr.org/
    • NetCDF – (Network Common Data Form) Hardverfüggetlen szoftverkönyvtár, illetve adatformatumok gyűjteménye melyek célja a tömb orientált tudományos adatok létrehozása, elérese és megosztása – https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/
    • numpy – Tudományos számitások python programnyelven. N- dimenziós tömbök kezelése, átfogó matematikai funkciók – https://numpy.org/
    • opencv – Nyílt forráskódú computer vision és gépi tanuláshoz használt könyvtár – https://opencv.org/about/
    • OpenMPI – Message Passing Interface – Számítási nodeok közötti kommunikációért felelős könyvtár, illetve protokoll. Szoftverek paralell, több fizikai számítási node-on való futtatását teszi lehetővé. Az Inteles implementacioja Intel – MPI – https://www.open-mpi.org/
    • Python – Python programozási nyelv, szoftverek fejlesztéséhez és futtatásához – https://www.python.org/
    • qgis – Nyílt forrsákódú térinformatikai szoftver – https://qgis.org/hu/site/
    • R – Statisztikai programozási nyelv adatok elemzéséhez, statisztikai vizsgálatokhoz, adatok ábrázolásához. – https://www.r-project.org/about.html
    • scalapack – LAPACK változat nagy teljesítményű számításokhoz, paralell, elosztott memória igenyű alkalmazásokhoz – http://www.netlib.org/scalapack/
    • scalasca – Parallell programok optimalizációja és teljesítményének mérésére futásidejű elemzések alapján – https://www.scalasca.org/
    • SciPy – Tudományos, matematikai és főleg mérnöki tudományokhoz használt nyílt forráskódú python alapú könyvtár – https://www.scipy.org/
    • sionlib – Skálázódó I/O könyvtár feladathoz kötött helyi fájlok parallel eléréséhez – https://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/SIONlib/_node.html
    • sqlite – Kis méretű, gyors, önálló, nagy megbizhatóságú, teljes értékű SQL adatbázis motor C nyelven – https://www.sqlite.org/index.html
    • tesseract – Google által fejlesztett optikai karakter felismerő (OCR) szoftver, mely több mint 100 nyelvet tud felismerni. – https://opensource.google/projects/tesseract
    • weka – Nyílt forráskódú, gépi tanuláshoz használt program – https://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/
  4. Molekuladinamika, kvantumkémia
    • Amber – Biomolekuláris szimulációkhoz használt szoftver. Fejlesztése az 1970 években kezdődött, többféle erőtérrel (AMBER-94, 96, 99 stb.) GPU gyorsítással, alacsony memóriaigénnyel. A legtöbb kvantumkémiai szoftverhez tartalmaz interfészt, hibrid QM/MM szimulációkhoz – https://ambermd.org/
    • Ambertools – Az Amber fejlesztőitől származó ingyenesen elérhető szoftvercsomag, mely önmagában illetve az Amber-el is használható. A csomag teljes értékű molekuladinamikai szimulációkhoz is használható – https://ambermd.org/AmberTools.php
    • cp2k – Kvantumkémiai és szilárdtest fizikai számításokhoz használt programcsomag. Szilárd és folyadék halmazállapotú molekuláris, periodikus, anyag és kristályszerkezeti valamint biológiai rendszerek szimulációjához alkalmazható. DFT (Density Functional Theory) számítások elvégzésére is alkalmas – https://www.cp2k.org/
    • Desmond – Schrödinger által fejlesztett molekuladinamikai program magas szintű GPU támogatással biomolekuláris rendszerekhez – https://www.deshawresearch.com/resources_desmond.html
    • Gaussian – Az elektronszerkezeti számításokra alkalmazott szoftverek közül az egyik legrobosztusabb és legszéleskörűbben alkalmazott programcsomag. A Schrödinger egyenlet közelítő megoldásával lehetséges a molekulák elektronszerkezetén alapuló tulajdonságaik vizsgálata, a szemiempírikus módszerektől kezdve, az önkonzisztens Hartree-Fock és a sűrűségfunkcionál módszereken át, a magas szintű, igen számításigényes poszt-SCF módszerekig – https://gaussian.com
    • Gromacs – Átfogó szoftverkészlet moelkuladinamikai szimulációkhoz. Száztól több milliós részecskeszámú rendszerekhez. GPU támogatással, es igan magas optimalizációval, valamint beépített adatelemzési képeségekkel – http://www.gromacs.org/
    • LAMPPS – (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) – molekuladinamikai szoftver anyagmodellezéssel a középpontban. Rendelkezik szilárd (félvezetők) es lágy anyagok (biomolekulák és polimerek) leírásahoz szükséges potenciálokkal – https://lammps.sandia.gov/
    • mopac – Szemiempírikus molekulaorbitál számításokhoz használt programcsomag, mely mind szilárdfáziú, valamint molekuláris reakciók számításaihoz is használható – https://www.scm.com/product/mopac/
    • namd2 – Jól skálázódó molekuladinamikai programcsomag, nagyobb rendszerekkel is igen jól használható GPU támogatással – https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
    • nwchem – Nyílt forráskódú nagyteljesítményű (parallelizált) kémiai számításokhoz használt eszközök – https://www.nwchem-sw.org/
    • orca – Ab-initio kvantumkémiai szoftver modern elektronszerkezeti funkciókkal (DFT, soktestes perturbáció, szemi-empirikus kvantumkémia) – https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal
    • plumed – Közösségi szoftvercsomag mely a molekuladinamikai futtatások mintavételezését javítja, valamint futtatási adaok elemzéséhez használható. Szabad-energia számításokat tesz lehetővé – https://www.plumed.org/
    • qespresso – Elektronszerkezeti számítások, anyagmodellezés nanostruktúrális szinten. DFT síkhullám függvények, és pszeudopotenciálok alapjan. – https://www.quantum-espresso.org/
    • siesta – Elektronszerkezeti számítások, valamint ab-initio molekuladinamikai szimulációk molekulák és szilard anyagokon is. A szoftver hatékonysága a szigorúan lokalizált atomi orbitálokon alapszik – https://departments.icmab.es/leem/siesta/
    • VMD – (Visual Molecular Dynamics) – Molekuláris vizualizációs szoftver nagyméretű rendszerek elemzésehez, megjelenítéséhez – https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

 

 

 Budapest2DebrecenDebrecen2MiskolcSzeged
Amber12.0; 16.0
Ambertools16
antlr4.04.0
blast2.2.282.2.28
blender2.492.49
clustal2.12.1
cmake3.2.22.8.11; 3.12.13.2.2; 3.11.12.8.11; 3.0.0; 3.18.43.11.1; 3.16.4
cp2k2.6.2; 3.0; 5.12.5.13.0; 4.1; 6.12.6.2; 6.15.1; 6.1
cuda5.5; 6.5; 7.0.285.5; 6.5; 7.0.28; 8.0.61
Desmond2016.42016.4; 2017.4; 2018.4
fann2.2.02.2.0
FFTW2.1.5; 3.3.53.3.32.1.5; 3.3.4; 3.3.83.3.33.3.8
Gaussiang09g09g09g16
GCC4.8.2; 5.3.0; 8.2.04.7.2; 8.2.0; 9.2.04.8.2; 4.9.1; 5.4.0; 5.5.0; 8.2.0; 9.2.04.7.2; 9.2.04.8.2; 5.4.0; 6.4.0; 7.4.0; 8.2.0; 9.2.0
GMP6.0.05.1.16.0.0; 6.2.05.1.1
go1.13.81.14.21.13.8
Gromacs5.1.2; 5.1.4; 2016.3/44.6.2; 5.1.4; 2020.42016.3/4; 2018.2/32016.32019.4; 2020.4
HDF51.8.141.12.0; 1.8.14
imagemagick7.0.2
Intel Parallel Studio2011sp1; 2013sp1; 2015sp3; 2016u12011sp1; 2013sp1; 2015sp32011sp1; 2013sp1; 2016u12016
JDK1.7.0_75; 1.8.0_451.7.0_13; 1.7.0_21; 1.8.0_1511.7.0_75; 1.8.0_451.7.0_13; 1.7.0_21; 1.8.0_191
LAMMPS2016.05.14-phi2016.05.14
Lapack
magma2.20
meme4.9.04.9.0
mopac13.207L; 15.314L; 16.175; 18.270L13.143L; 13.207L; 15.314L; 16.175L; 16.175L; 18.270L13.143L; 13.207L; 15.314L; 16.175L; 17.361L; 18.270L15.314L; 18.270L
MPFR3.1.23.1.13.1.2; 4.0.23.1.1
namd22.10; 2.11; 2.122.10; 2.112.10; 2.11; 2.122.10; 2.11; 2.132.14
NetCDF4.4.14.1.34.3.3.14.1.3
numpy1.11.21.7.01.7.0
nwchem6.1.1
opencv2.4.52.4.5
OpenMPI1.8.5; 1.10.0; 2.0.4; 3.1.2 1.6.3; 1.10.7; 2.0.4; 3.1.2; 4.0.31.4.5; 1.8.3; 1.8.4; 1.8.5; 2.0.4; 3.1.2; 4.0.31.6.3; 1.10.7; 2.0.41.4.5; 1.6.5; 1.8.8; 1.10.7; 2.0.4; 2.1.6; 3.0.6; 3.1.6
orca3.0.3; 4.0.1; 4.1.13.0.2; 3.0.3; 4.0.13.0.3; 4.0.1; 4.1.1; 4.1.24.0.1
ParaView3.14.13.14.1; 5.7.0
Petsc3.7.4
plumed2.4b2.4.32.2.2; 2.4; 2.4.32.4b
Python2.7.15; 3.5.2; 3.6.12.7.5; 3.6.12.7.5; 3.6.1; 3.8.22.7.5; 3.6.1; 3.8.22.7.17; 3.6.2-rc2; 3.8.2
qespresso5.4.05.4.0; 6.2.1
qgis1.8.01.8.0
R3.0.1; 3.2.0; 3.2.53.0.1; 4.0.03.6.2; 4.0.0
scalapack2.0.22.0.2
scalasca1.4.31.4.3
SciPy0.18.10.12.00.12.0
siesta3.2-pl-53.2-pl-53.2-pl-5; 4.1-b4; 4.6.24.1-b4
singular3.1.63.1.6
singularity3.5.2
sionlib1.3p71.3p7
sqlite3.7.173.7.173.32.3
tesseract3.04.01
viennarna2.1.52.1.5
VMD1.9.21.9.11.9.21.9.1
weka3.6.93.6.9