Az igényeknek megfelelően igyekszünk a nyílt forráskódú szoftverek listáját bővíteni, illetve követni a verziószám változásokat, így nyújtva naprakész szoftveres hátteret felhasználóinknak. Figyelembe véve a szuperszámítógépek különböző architektúráját és a szoftveres hátteret, igyekszünk a leginkább megfelelő verziójú szoftvereket telepíteni.
Felhasználói megkeresések kapcsán vállaljuk olyan szoftverek telepítését, melyek szabadon felhasználhatóak. Egyetemeken elhelyezett gépek esetében ha egy kutatócsoport rendelkezik site-licenceszel egy szoftverre, úgy vállaljuk hogy közreműködünk annak telepítésében. Lentebb tájékozódhat a telepített szoftverekről, továbbá a különböző verziók elérhetőségét gépeinken táblázatba rendezve.
- Egyéb
- antlr – Nyelfelismerő szoftver. Struktúrált szövegek és bináris fájlok olvasásához, feldolgozásához, és fordításához – https://www.antlr.org/
- blender – Ingyenes, nyílt forráskódú 3D modellező szoftver, mely biztosítja a teljes 3D pipeline-t – https://www.blender.org/
- magma – Nagy méretű szoftvercsomag számelméleti, geometriai, kombinatorikai és algebrai számításokhoz. – http://magma.maths.usyd.edu.au/magma/
- ParaView – Nyílt forraskodú, multiplatform adatelemzésre és vizualizációra használt program. Interaktív módon 3D-ben, vagy batch feldolgozással is lehetséges – https://www.paraview.org/
- Petsc – Parallel megoldásokhoz használt adatstruktúrák es rutinok, részleges differenciálegyenletek alapján modellezve – https://www.mcs.anl.gov/petsc/
- singular – Számítógépes algebra rendszer polinomiális számításokhoz – https://www.singular.uni-kl.de/
- singularity – Tudományos szoftverek futtatása izolált számítási környezetekben. Teljes tudományos workflow csomagok futtatása konténerezett környezetben. – https://singularity.lbl.gov/
- Genomikai elemzésekhez használt szoftverek
- blast – Nukleotid szekvenciák szekvenálási adatbázisokban lévő szekvenciákkal való összehasonlítására szolgál – https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi
- clustal – Bioinformatikai szoftver, többszörös szekvenciaillesztéshez C++ programnyelven – http://www.clustal.org/
- meme – Motívum alapú szekvenciaanalízis szoftver – http://meme-suite.org/
- viennarna – Több önálló program RNS másodlagos szerkezetek predkciójához és összehasonlításához. Továbbá C nyelvi könyvtár – https://www.tbi.univie.ac.at/RNA/
- Könyvtárak, programozási nyelvek, fejlesztőeszközök
- cmake – Nyíllt forráskódú, ingyenes, több platformon használható program. Szoftverek összeépítésének menedzselését és tesztelését teszi lehetővé – https://cmake.org/
- cuda – NVIDA által biztosított fejlesztői környezet NVIDA GPUk-ra írt szoftverek fordításához, és futtatásához https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit
- fann – Többrétegű mesterséges neurális háló implementáció C nyelven – https://leenissen.dk/fann/wp/
- FFTW – C szubrutin diszkrét Fourier transzformációkhoz egy vagy több dimenzióban. Tetszőleges bemeneti mérettel valódi és komplex adatok használatához is – http://www.fftw.org/
- GCC – GNU compiler, C és C++ programnyelven írt szoftverek fordításához. Alkalmas továbbá Objective-C, Fortran, Ada, Go és D nyelveken írt programok fordítására is – https://gcc.gnu.org/
- GMP – Aritmetikai könyvtár tetszőleges pontosságú aritmetiaki műveletek elvégzésere egész, racionális, es lebegőpontos számokon – https://gmplib.org/
- go – Google által fejlesztett programozási nyelv – https://golang.org/
- HDF5 – Sokrétű adatmodell, mellyel nagyon komplex adatok reprezentálhatóak. Fájl formátumok gyűjteménye, nagy mennyiségű adat tárolására és rendszerezésére. Egyes szupergépeinken phdf5-is taláható, mely a HDF5 paralellizált változata – https://www.hdfgroup.org/solutions/hdf5/
- imagemagick – Bitmap képek készítéséhez, alakításához, konvertálásához használható program amely több mint 200 fájlformátumot képes kezelni. – https://imagemagick.org/
- Intel Parallel Studio – Az Intel cég által fejlesztett szoftvercsomag, mely többek között tartalmaz fordítókat (C++, Fortran, stb.), és különböző fejlesztési könyvtárakat (DAAL – Data Analytics Acceleration Library; Integrated Performance Primitives; Math Kernel Library; Message Passing Interface; Threading Building Blocks), valamint debuggert is – https://software.intel.com/content/www/us/en/develop/tools/oneapi/commercial-base-hpc.html
- JDK – Java Development Kit – Az Oracle cég által fejlesztett platform, Java programozási nyelven ír szoftverek készítéséhez – https://www.oracle.com/java/
- Lapack – Fortran 90 nyelven írt lineáris algebrához használt számítási könyvtár – http://www.netlib.org/lapack/
- MPFR – C könyvtár tobbféle precíziós lebegőpontos szamításokhoz megfelelő kerekítéssel – https://www.mpfr.org/
- NetCDF – (Network Common Data Form) Hardverfüggetlen szoftverkönyvtár, illetve adatformatumok gyűjteménye melyek célja a tömb orientált tudományos adatok létrehozása, elérese és megosztása – https://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/
- numpy – Tudományos számitások python programnyelven. N- dimenziós tömbök kezelése, átfogó matematikai funkciók – https://numpy.org/
- opencv – Nyílt forráskódú computer vision és gépi tanuláshoz használt könyvtár – https://opencv.org/about/
- OpenMPI – Message Passing Interface – Számítási nodeok közötti kommunikációért felelős könyvtár, illetve protokoll. Szoftverek paralell, több fizikai számítási node-on való futtatását teszi lehetővé. Az Inteles implementacioja Intel – MPI – https://www.open-mpi.org/
- Python – Python programozási nyelv, szoftverek fejlesztéséhez és futtatásához – https://www.python.org/
- qgis – Nyílt forrsákódú térinformatikai szoftver – https://qgis.org/hu/site/
- R – Statisztikai programozási nyelv adatok elemzéséhez, statisztikai vizsgálatokhoz, adatok ábrázolásához. – https://www.r-project.org/about.html
- scalapack – LAPACK változat nagy teljesítményű számításokhoz, paralell, elosztott memória igenyű alkalmazásokhoz – http://www.netlib.org/scalapack/
- scalasca – Parallell programok optimalizációja és teljesítményének mérésére futásidejű elemzések alapján – https://www.scalasca.org/
- SciPy – Tudományos, matematikai és főleg mérnöki tudományokhoz használt nyílt forráskódú python alapú könyvtár – https://www.scipy.org/
- sionlib – Skálázódó I/O könyvtár feladathoz kötött helyi fájlok parallel eléréséhez – https://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Support/Software/SIONlib/_node.html
- sqlite – Kis méretű, gyors, önálló, nagy megbizhatóságú, teljes értékű SQL adatbázis motor C nyelven – https://www.sqlite.org/index.html
- tesseract – Google által fejlesztett optikai karakter felismerő (OCR) szoftver, mely több mint 100 nyelvet tud felismerni. – https://opensource.google/projects/tesseract
- weka – Nyílt forráskódú, gépi tanuláshoz használt program – https://www.cs.waikato.ac.nz/ml/weka/
- Molekuladinamika, kvantumkémia
-
- Amber – Biomolekuláris szimulációkhoz használt szoftver. Fejlesztése az 1970 években kezdődött, többféle erőtérrel (AMBER-94, 96, 99 stb.) GPU gyorsítással, alacsony memóriaigénnyel. A legtöbb kvantumkémiai szoftverhez tartalmaz interfészt, hibrid QM/MM szimulációkhoz – https://ambermd.org/
- Ambertools – Az Amber fejlesztőitől származó ingyenesen elérhető szoftvercsomag, mely önmagában illetve az Amber-el is használható. A csomag teljes értékű molekuladinamikai szimulációkhoz is használható – https://ambermd.org/AmberTools.php
- cp2k – Kvantumkémiai és szilárdtest fizikai számításokhoz használt programcsomag. Szilárd és folyadék halmazállapotú molekuláris, periodikus, anyag és kristályszerkezeti valamint biológiai rendszerek szimulációjához alkalmazható. DFT (Density Functional Theory) számítások elvégzésére is alkalmas – https://www.cp2k.org/
- Desmond – Schrödinger által fejlesztett molekuladinamikai program magas szintű GPU támogatással biomolekuláris rendszerekhez – https://www.deshawresearch.com/resources_desmond.html
- Gaussian – Az elektronszerkezeti számításokra alkalmazott szoftverek közül az egyik legrobosztusabb és legszéleskörűbben alkalmazott programcsomag. A Schrödinger egyenlet közelítő megoldásával lehetséges a molekulák elektronszerkezetén alapuló tulajdonságaik vizsgálata, a szemiempírikus módszerektől kezdve, az önkonzisztens Hartree-Fock és a sűrűségfunkcionál módszereken át, a magas szintű, igen számításigényes poszt-SCF módszerekig – https://gaussian.com
- Gromacs – Átfogó szoftverkészlet moelkuladinamikai szimulációkhoz. Száztól több milliós részecskeszámú rendszerekhez. GPU támogatással, es igan magas optimalizációval, valamint beépített adatelemzési képeségekkel – http://www.gromacs.org/
- LAMPPS – (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) – molekuladinamikai szoftver anyagmodellezéssel a középpontban. Rendelkezik szilárd (félvezetők) es lágy anyagok (biomolekulák és polimerek) leírásahoz szükséges potenciálokkal – https://lammps.sandia.gov/
- mopac – Szemiempírikus molekulaorbitál számításokhoz használt programcsomag, mely mind szilárdfáziú, valamint molekuláris reakciók számításaihoz is használható – https://www.scm.com/product/mopac/
- namd2 – Jól skálázódó molekuladinamikai programcsomag, nagyobb rendszerekkel is igen jól használható GPU támogatással – https://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/
- nwchem – Nyílt forráskódú nagyteljesítményű (parallelizált) kémiai számításokhoz használt eszközök – https://www.nwchem-sw.org/
- orca – Ab-initio kvantumkémiai szoftver modern elektronszerkezeti funkciókkal (DFT, soktestes perturbáció, szemi-empirikus kvantumkémia) – https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal
- plumed – Közösségi szoftvercsomag mely a molekuladinamikai futtatások mintavételezését javítja, valamint futtatási adaok elemzéséhez használható. Szabad-energia számításokat tesz lehetővé – https://www.plumed.org/
- qespresso – Elektronszerkezeti számítások, anyagmodellezés nanostruktúrális szinten. DFT síkhullám függvények, és pszeudopotenciálok alapjan. – https://www.quantum-espresso.org/
- siesta – Elektronszerkezeti számítások, valamint ab-initio molekuladinamikai szimulációk molekulák és szilard anyagokon is. A szoftver hatékonysága a szigorúan lokalizált atomi orbitálokon alapszik – https://departments.icmab.es/leem/siesta/
- VMD – (Visual Molecular Dynamics) – Molekuláris vizualizációs szoftver nagyméretű rendszerek elemzésehez, megjelenítéséhez – https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
| Budapest2 | Debrecen | Debrecen2 | Miskolc | Szeged | |
|---|---|---|---|---|---|
| Amber | – | – | 12.0; 16.0 | – | – |
| Ambertools | – | 16 | – | – | – |
| antlr | – | 4.0 | – | 4.0 | – |
| blast | – | 2.2.28 | – | 2.2.28 | – |
| blender | 2.49 | – | 2.49 | – | – |
| clustal | – | 2.1 | – | 2.1 | – |
| cmake | 3.2.2 | 2.8.11; 3.12.1 | 3.2.2; 3.11.1 | 2.8.11; 3.0.0; 3.18.4 | 3.11.1; 3.16.4 |
| cp2k | 2.6.2; 3.0; 5.1 | 2.5.1 | 3.0; 4.1; 6.1 | 2.6.2; 6.1 | 5.1; 6.1 |
| cuda | 5.5; 6.5; 7.0.28 | – | 5.5; 6.5; 7.0.28; 8.0.61 | – | – |
| Desmond | 2016.4 | – | 2016.4; 2017.4; 2018.4 | – | – |
| fann | – | 2.2.0 | – | 2.2.0 | – |
| FFTW | 2.1.5; 3.3.5 | 3.3.3 | 2.1.5; 3.3.4; 3.3.8 | 3.3.3 | 3.3.8 |
| Gaussian | – | g09 | g09 | g09 | g16 |
| GCC | 4.8.2; 5.3.0; 8.2.0 | 4.7.2; 8.2.0; 9.2.0 | 4.8.2; 4.9.1; 5.4.0; 5.5.0; 8.2.0; 9.2.0 | 4.7.2; 9.2.0 | 4.8.2; 5.4.0; 6.4.0; 7.4.0; 8.2.0; 9.2.0 |
| GMP | 6.0.0 | 5.1.1 | 6.0.0; 6.2.0 | 5.1.1 | – |
| go | – | – | 1.13.8 | 1.14.2 | 1.13.8 |
| Gromacs | 5.1.2; 5.1.4; 2016.3/4 | 4.6.2; 5.1.4; 2020.4 | 2016.3/4; 2018.2/3 | 2016.3 | 2019.4; 2020.4 |
| HDF5 | 1.8.14 | – | 1.12.0; 1.8.14 | – | – |
| imagemagick | – | – | 7.0.2 | – | – |
| Intel Parallel Studio | 2011sp1; 2013sp1; 2015sp3; 2016u1 | 2011sp1; 2013sp1; 2015sp3 | 2011sp1; 2013sp1; 2016u1 | 2016 | – |
| JDK | 1.7.0_75; 1.8.0_45 | 1.7.0_13; 1.7.0_21; 1.8.0_151 | 1.7.0_75; 1.8.0_45 | 1.7.0_13; 1.7.0_21; 1.8.0_191 | – |
| LAMMPS | 2016.05.14-phi | 2016.05.14 | – | – | – |
| Lapack | – | – | – | – | – |
| magma | – | 2.20 | – | – | – |
| meme | – | 4.9.0 | – | 4.9.0 | – |
| mopac | 13.207L; 15.314L; 16.175; 18.270L | 13.143L; 13.207L; 15.314L; 16.175L; 16.175L; 18.270L | 13.143L; 13.207L; 15.314L; 16.175L; 17.361L; 18.270L | 15.314L; 18.270L | – |
| MPFR | 3.1.2 | 3.1.1 | 3.1.2; 4.0.2 | 3.1.1 | – |
| namd2 | 2.10; 2.11; 2.12 | 2.10; 2.11 | 2.10; 2.11; 2.12 | 2.10; 2.11; 2.13 | 2.14 |
| NetCDF | 4.4.1 | 4.1.3 | 4.3.3.1 | 4.1.3 | – |
| numpy | 1.11.2 | 1.7.0 | – | 1.7.0 | – |
| nwchem | – | 6.1.1 | – | – | – |
| opencv | – | 2.4.5 | – | 2.4.5 | – |
| OpenMPI | 1.8.5; 1.10.0; 2.0.4; 3.1.2 | 1.6.3; 1.10.7; 2.0.4; 3.1.2; 4.0.3 | 1.4.5; 1.8.3; 1.8.4; 1.8.5; 2.0.4; 3.1.2; 4.0.3 | 1.6.3; 1.10.7; 2.0.4 | 1.4.5; 1.6.5; 1.8.8; 1.10.7; 2.0.4; 2.1.6; 3.0.6; 3.1.6 |
| orca | 3.0.3; 4.0.1; 4.1.1 | 3.0.2; 3.0.3; 4.0.1 | 3.0.3; 4.0.1; 4.1.1; 4.1.2 | 4.0.1 | – |
| ParaView | 3.14.1 | – | 3.14.1; 5.7.0 | – | – |
| Petsc | 3.7.4 | – | – | – | – |
| plumed | 2.4b | 2.4.3 | 2.2.2; 2.4; 2.4.3 | 2.4b | – |
| Python | 2.7.15; 3.5.2; 3.6.1 | 2.7.5; 3.6.1 | 2.7.5; 3.6.1; 3.8.2 | 2.7.5; 3.6.1; 3.8.2 | 2.7.17; 3.6.2-rc2; 3.8.2 |
| qespresso | 5.4.0 | – | 5.4.0; 6.2.1 | – | – |
| qgis | – | 1.8.0 | 1.8.0 | – | – |
| R | – | 3.0.1; 3.2.0; 3.2.5 | – | 3.0.1; 4.0.0 | 3.6.2; 4.0.0 |
| scalapack | 2.0.2 | – | 2.0.2 | – | – |
| scalasca | – | 1.4.3 | – | 1.4.3 | – |
| SciPy | 0.18.1 | 0.12.0 | – | 0.12.0 | – |
| siesta | 3.2-pl-5 | 3.2-pl-5 | 3.2-pl-5; 4.1-b4; 4.6.2 | 4.1-b4 | – |
| singular | – | 3.1.6 | – | 3.1.6 | – |
| singularity | – | – | – | – | 3.5.2 |
| sionlib | – | 1.3p7 | – | 1.3p7 | – |
| sqlite | – | 3.7.17 | – | 3.7.17 | 3.32.3 |
| tesseract | – | – | 3.04.01 | – | – |
| viennarna | – | 2.1.5 | – | 2.1.5 | – |
| VMD | 1.9.2 | 1.9.1 | 1.9.2 | 1.9.1 | – |
| weka | – | 3.6.9 | – | 3.6.9 | – |